Dans une étude des vergers de pommiers de l'État de New York, les phytopathologistes de Cornell ont identifié un nouveau champignon pathogène qui provoque la pourriture amère des pommes. De plus, un second champignon apparenté connu pour provoquer la pourriture dans d'autres fruits a été trouvé pour la première fois dans les pommes.
L'étude, « Identification et caractérisation des espèces de Colletotrichum causant la pourriture amère des pommes à New York et description de C. noveboracense sp. nov. », a été publiée le 6 juillet dans la revue Scientific Reports.
« Nous avons été choqués par ce que nous avons trouvé, tout simplement abasourdis », a déclaré Srdjan Acimovic, associé principal de vulgarisation à l'Hudson Valley Research Laboratory (qui fait partie de Cornell AgriTech) et auteur principal de l'article. « Nous avons trouvé ces deux espèces, l'une qui n'a jamais été décrite auparavant et l'autre qui a été décrite auparavant mais jamais sur cet hôte ».
Ces deux pathogènes appartiennent au genre Colletotrichum, qui contient 189 espèces de champignons qui provoquent des maladies de pourriture dévastatrices dans une grande variété de cultures fruitières, notamment la banane, la fraise, les agrumes, l'avocat, la papaye, la mangue et la pomme.
Si les pratiques de protection ne sont pas appliquées en temps utile, les pertes de pommes dues à la pourriture amère dans l'État de New York peuvent atteindre en moyenne 25 % par an, et certaines exploitations biologiques auraient perdu jusqu'à 100 % de leur récolte. La pourriture amère représente également jusqu'à 5 % de pertes supplémentaires de fruits commercialisables en stockage après la récolte. Ces dommages sont coûteux pour les agriculteurs ; la valeur à la ferme des pommes de l'État de New York était d'environ 260 millions de dollars en 2018, selon les statistiques du ministère américain de l'agriculture.
« Le principal objectif de l'étude était d'identifier toutes les espèces de Colletotrichum dans les vergers de pommes de New York, et en particulier dans la région de la vallée de l'Hudson », a déclaré le premier auteur de l'étude, Fatemeh Khodadadi, chercheur postdoctoral dans le laboratoire d'Acimovic.
L'espèce dominante trouvée dans les pommes était C. fioriniae, suivie de C. chrysophilum, que l'on trouve dans d'autres fruits mais pas dans les pommes jusqu'à présent, et de C. noveboracense, récemment découvert, qui porte le nom de l'État de New York en latin.
« Lorsque nous savons quelles espèces sont dominantes dans notre région, nous savons comment les conditions environnementales les affecteront et quelle est la meilleure méthode de lutte dans un verger », a déclaré M. Khodadadi.
« Nous pensons que l'éventail de ces pathogènes s'élargit en raison du réchauffement climatique, cependant, il reste encore du travail à faire pour le démontrer », a déclaré M. Acimovic.
A l'avenir, les chercheurs prévoient de travailler avec d'autres phytopathologistes et des sélectionneurs de pommes pour identifier les gènes possibles qui confèrent une résistance naturelle aux champignons Colletotrichum qui peuvent être croisés dans les cultivars de pommes.
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Lindsey Hadlock
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