Des chercheurs de la Wageningen University & Research ont élucidé le génome de l'oignon. Les sélectionneurs pourront ainsi développer plus rapidement de nouvelles variétés d'oignons résistantes à des conditions telles que la sécheresse et répondre à la demande mondiale croissante d'oignons.
« Assembler les pièces a été un casse-tête considérable », explique Richard Finkers, chercheur en sélection végétale. « Car le génome de l'oignon est énorme : environ seize fois plus grand que celui de la tomate et cinq fois plus grand que celui de l'homme. »
L'oignon est l'un des légumes les plus cultivés au monde et constitue un élément important du régime alimentaire de nombreux pays. « Si nous voulons produire des oignons dans le monde entier, nous avons besoin de variétés adaptées aux différentes conditions de culture », explique Olga Scholten, chercheuse en sélection végétale. « Par exemple, nous avons besoin d'oignons résistants à divers champignons, car les maladies fongiques peuvent endommager les oignons et causer des pertes de récolte considérables. » La sélection de nouvelles variétés sera plus facile maintenant que le génome de l'oignon est disponible.
Un puzzle de 100 000 pièces
« Assembler le génome de l'oignon est comparable au fait de compléter un puzzle de 100 000 pièces, dont 95 000 ne sont que des morceaux de ciel bleu », déclare Finkers. « Seules 5 000 pièces font vraiment la différence. Nous avons réussi à en séquencer une grande partie à l'aide des dernières technologies de séquençage de l'ADN, car avec cette technologie, nous avons réussi à assembler les petites et grandes pièces qui se chevauchent partiellement. »
Des chercheurs de Wageningen étudient le génome de l'oignon
« Maintenant que nous publions le génome de l'oignon, d'autres chercheurs et sélectionneurs de plantes pourront tirer parti des possibilités offertes par la séquence du génome », déclare Finkers. « Cela élargira la base de connaissances et permettra de cribler beaucoup plus de variétés ou d'espèces sauvages pour détecter la présence de gènes particuliers ou pour les combiner. Cela pourrait être inclus dans un programme de croisement dans lequel les caractéristiques utiles d'autres variétés d'oignons ou d'espèces sauvages apparentées seront combinées. »
Les sélectionneurs de plantes espèrent que l'accès à la séquence du génome de l'oignon doublera la vitesse de leur travail de sélection, ramenant à l'avenir ce délai à six ou sept ans. « Dans d'autres cultures, comme la pomme de terre et le riz, le rôle joué par certains gènes dans la résistance aux maladies ou la tolérance à la sécheresse a déjà été étudié en profondeur. Grâce aux informations sur la séquence des gènes de ces cultures, les sélectionneurs peuvent désormais identifier plus facilement les gènes similaires dans le génome de l'oignon et progresser plus précisément dans leur propre travail de sélection. »
Collaboration
L'Université de Wageningue a collaboré avec trois entreprises pour le séquençage de l'ADN de l'oignon : les entreprises de sélection végétale Bejo Zaden et De Groot en Slot, et l'entreprise de génomique ServiceXS. Certaines parties du projet ont été réalisées dans le cadre d'une collaboration universitaire avec le professeur Masayoshi Shigyo (Laboratory of Vegetable Crop Science, Yamaguchi University, Japon) et le professeur Shusei Sato (Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, Aoba-ku, Sendai, Japon).
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